Ja do nauki systemu nie polecam jakiś user frendly dystrybucji. Najlepiej to jakaś książka o Linuksie i do tego np Debian bez żadnych Kde czy Gnome i uczyć się programów na początek pod sama console, napdawanie praw, struktura plików i takie podstawy. Potem kompilowanie kernela, jakieś iptables...