Z punktu widzenia systemu operacyjnego, chmod wciąż będzie tu zmieniany "lokalnie", przez użytkownika, do którego należy proces serwera PHP.
Niekoniecznie musi to być zalogowany user, ważne, by zrobił to proces usera, który ma prawo do ustawiania chmoda (lub do odczytania/modyfikacji pliku)...